1951年，商丘市疾病预防控制中心成立，在几代疾控人的共同努力下，逐渐建立健全了公共卫生应急体系和传染病防控体系，对各种传染病采取了积极的防治措施，深化了对慢性病防控机制的探索和强化，完善了健康危害因素监测与卫生监督技术服务工作，业务技术支撑能力日益增强，在创造健康环境、维护社会稳定、保障人民安全、促进大众身体健康等方面有着越来越重要的作用。

  我市自1978年实施免疫规划以来，预防接种覆盖率一直保持在较高水平，“五苗”接种率及乙肝疫苗及时接种率均在95%以上，随着国家扩大国家免疫规划的实施，我市免疫规划疫苗种类由原来的“五苗”防七病增加到14种疫苗防15种传染病。免疫针对传染病发病率降至历史最低水平，5岁以内乙肝表面抗原携带率降至1%以下。

  2001年市疾控中心成立了性病与艾滋病防治科，配备了专业防治队伍，建立了5个艾滋病确认实验室、5个初筛中心实验室，在16个县级医疗机构建立初筛实验室，规范了HIV实验室的管理，提高了我市艾滋病防治能力和实验室诊断能力。近年来，随着艾滋病防治工作的不断完善，建立了市、县、乡三级艾滋病防治工作模式。目前，我市艾滋病通过输血途径传播基本被阻断，经注射吸毒和母婴传播降至较低水平。

  我市属于地方病与寄生虫病的高发地区，疟疾、丝虫病、肝吸虫病、钩虫病等多次在我市流行；地方性氟中毒（地氟病）、布鲁氏杆菌、地方性甲状腺肿（碘缺乏病）至今仍在危害广大人民群众。自1998年至2005年，该中心启动我市水碘、水氟大普查工作，走遍全区每一个自然村，采集水样检验分析，确诊每一个患者，终于摸清了我市地氟病、地方性碘缺乏病的区域分布、人群分布、流行强度，以及饮用水的卫生学性状，为政府制定地方病防治策略提供了科学依据。

  2003年年初，传染性非典型肺炎（SARS）暴发流行，对社会、经济带来不同程度的影响，也给广大人民群众的身体健康和生命安全带来了严重威胁。该中心积极响应上级号召，设立24小时疫情值班制度，加强防治物资储备，抽调骨干人员成立应急小组，加强对非典确诊、疑似病人及其密切接触者的管理，这些对阻断传染性非典型肺炎在我市传播起到重要作用。

  2009年，该中心成立了手足口病防控领导组，组建了应急队伍，多次对市县疾控人员进行技术培训，并储备了充足的消毒药械，完善了实验室检测技术和能力，督导医疗单位和托幼机构落实预防和消毒措施，防控成效显著，近年来手足口病发病率逐年下降。

  随着群众对健康生活的需求，疾控工作受到前所未有的关注，老的传染病尚未完全控制，新的传染病不断发生，如人感染高致病性禽流感、人感染H7N9禽流感、中东呼吸综合症、埃博拉出血热等新发传染病不断出现，防控任务艰巨。对此全市各级疾控机构高度重视，精心组织领导，加强疫情监测，切实做好人员、物资和技术准备，提高应急处置能力，随时应对疫情发生。